当出现物流运输纠纷以后，大多数情况下，合同双方会考虑到多年的或良好的合作关系和商业因素，互相退让．争取友好协商解决，同时也为今后的进一步合作打下基础。但也有的纠纷因双方之间产生的分歧较大，无法通过协商解决，这时可以寻求双方都比较信赖的行业协会或其他组织进行调解，达成和解协议，从而解决纠纷。还有一部分物流运输纠纷，虽经双方较长时间的协商，以及在行业协会或其他组织介入调解以后，还是无法解决。这时，合同双方只能寻求法律途径来处理纠纷。
综合上述内容可以发现，解决运输纠纷的方法一般有协商、调解、仲裁和诉讼等四种形式。
(1)协商。协商是争议双方在自愿互谅的基础上，按照国家法律政策和合同规定，直接进行磋商，达成协议，以解决合同纠纷的方法，这是一种有效解决纠纷的方法。它有利于迅速平息争议，有利于问题的迅速解决。
(2)调解。调解是由第三者主持，合同纠纷的双方当事人参加，通过调解，达成某种协议，解决合同纠纷的方法。调解的程序是：由争议一方向相关部门提出调解申请书及相应的证明材料；相关部门进行审核，符合法律规定即可受理；调解主持人通过与双方交谈，弄清事实，核实证据，分清是非，判明责任，提出调解方案。经过调解，争议双方同意调解人提出的调解方案，由主持调解部门制作调解协议书。
(3)仲裁。仲裁是解决民事纠纷的一种较为理想的方式，具有专家裁处、自由、方便、灵活、快捷等特点，而且费用相对低廉。仲裁规则对纠纷双方都具有约束力，而且只要仲裁符合规则，该项仲裁就是终局性的。目前，我国对仲裁进行规范的法律是1995年的《仲裁法》。
纠纷双方在两种情况下，可以采取仲裁方式解决物流运输纠纷：第一，在订立的合同中已经选择了仲裁作为解决纠纷的方式；第二，在纠纷发生后一致同意采用仲裁方式来解决纠纷。
(4)诉讼。在物流运输纠纷发生以后，如果合同双方无法达成一致的解决方案，或双方未对纠纷的解决方法进行约定，则应该通过诉讼的方式来解决。由一方或双方向有管辖权的法院提起诉讼，然后由法院作出判决。一方或双方如果对一审判决不服，还可以进行上诉、申诉的等。
